پژوهش حاضر با هدف بررسی موانع اجرای حکمرانی مشارکتی در نهادهای آموزشی و پژوهشی انجام شده تا راهکار هایی برای مدیران و ذی نفعان در آموزش عالی ارایه دهد. برای دستیابی به هدف تحقیق، ابتدا ادبیات موجود، شامل تاریخچه، تعاریف و زمینه های موانع اجرای حکمرانی مشارکتی در نهادهای آموزشی و پژوهشی مطالعه شده است و با انجام فرایند تعلیق پدیدارشناسانه و تنظیم پروتکل مصاحبه، با 15 نفر از خبرگان، مصاحبه عمیق صورت گرفت و سپس داده ها با استفاده از روش تحلیل مضمون، کدگذاری شد. با دسته بندی 134 کد اولیه، 24 زیر مضمون و چهار مضمون نهایی به دست آمد. قلمرو زمانی و مکانی پژوهش نیز به ترتیب، سال 1401 و ذی نفعان مختلف آموزش عالی کشور بوده است. با توجه به کدگذاری صورت گرفته و مقوله های احصا شده، موانع پیاده سازی حکمرانی مشارکتی در نهادهای آموزشی و پژوهشی شامل چهار مقوله، 1-ساختاری، 2-مدیریتی، 3-سیاسی، فرهنگی و اجتماعی و فردی است که هرکدام از زیر مولفه هایی تشکیل شده اند. عوامل و مولفه های چالش های اجرایی طرح های حکمرانی مشارکتی به سطح کلان، سیاست گذاری و تدوین سیاست ها و در همین راستا به زمینه سازی، ایجاد فرهنگ مشارکتی و تعیین دقیق برنامه ها و ابزارهای آن، جهت مشارکت دادن ذی نفعان و افراد فعال در این زمینه بر می گردد. از طرف دیگر نتایج نشان داد که موانع هم در سطح کلان و هم در سطح خرد باعث عدم اجرای موفقیت آمیز حکمرانی مشارکتی در نهادهای آموزشی و پژوهشی کشور شده است که در راستای رفع آن ها باید با اتخاذ رویکرد دوطرفه از بالا به پایین و بالعکس در جهت اجرایی سازی این مهم اقدام نمود.